需要指出的是，此时任天堂的竞争对手是世嘉而非索尼，90年代中期，任天堂还曾选择与索尼进行光驱化合作。不过两家分道扬镳后，1994年，索尼推出PlayStation游戏机，则令任天堂的主机游戏市场受到重创。
索尼PlayStation游戏机
对此，任天堂在1996年和2001年分别推出了Nintendo 64和GameCube予以应对， 却难以抗衡Sony与Microsoft的崛起。2003年，任天堂的市场份额下滑到16%，而Sony和Microsoft的市场份额分别达到了55%和22%。
主机市场受阻，但游戏理念一直走在最前端的任天堂，将目光转移至掌上游戏机——Game Boy和GBA收获成功，让任天堂将掌机继续作为核心产品进行推进，并陆续推出了Game Boy的多款续作GAME BOY Pocket（袖珍GB）、GAME BOY Light （夜光GB）GAME BOY Color（彩色GB）、Game Boy Advance（32位元彩色GB）等。
这期间，岩田聪已从年过八旬的山内溥手中接过军令状，成为任天堂百年历史中，浓墨重彩的一位开拓者。
2004年，任天堂全面更新了掌机产品线，进入NDS时代（Nintendo Double Screen，任天堂双屏游戏机）。
任天堂的鼎盛时期有两个，一个是FC时代，家用机FC和掌机Gamboy占据了绝大多数市场份额；另一个是Wii时代，同样是Wii和NDS两线开花。
NDS开创了触摸玩法，智能手机时代很多的触屏游戏的点子都是从这里出来的（比iPhone要早）；
NDS更是全面压制了PSP很久，累计全球销量达到了1.5亿。
知乎大神、虚拟现实游戏团队TVR主创Gouki如是说。
岩田聪继续继承“开发简单好玩游戏”的理念，试图将全年龄段作为家用游戏机的受众范围，2006年任天堂Wii上市，Wii游戏机的无线手柄由一根带十字键和AB键的Wii Remote控制器外加一根鸡腿形的摇杆组成。玩家在游戏中手持Wii Remote挥舞，就可以直观地操作电视屏幕里的各种游戏动作。
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