而门头沟修建的S1线，其成本也比开始预计的要高。据北控磁浮的介绍，中国地铁造价每公里约10亿~14亿元，轻轨为3亿~4亿元，而中低速磁悬浮仅有2亿~3亿元。但事实却并非如此。以北京S1线为例，西段环评报告显示，工程平均每公里造价6.42亿元。而根据门头沟区领导的说法，S1线门头沟段平均每公里10亿元。不过，在国防科技大学磁浮技术工程研究中心总设计师常文森看来，其中不少资金是用于拆迁、环境建设等，与线路工程无关的项目。
导致这一原因既有规划问题，更多的还是建设成本投入过高。“上海机场线所用的磁悬浮设备是全套从德国进口的，所以修建费用本身很高。”朱其杰表示，“如果能够采用国产技术，成本可以下降一半左右。”
无法接驳轮轨阻碍发展
然而，不论是“胎死腹中”的上海到杭州的磁悬浮，还是已经建成使用的上海机场线和北京机场线，都折射出现阶段磁悬浮发展的尴尬境地。
早在讨论上海修建至杭州磁悬浮之初，朱其杰就曾经作为专家受邀前去考察，考察的结果令人啼笑皆非。“在上海到杭州之间的磁悬浮线，只设置了一个站，就是嘉兴车站。这个车站设置的地点距离嘉兴城区10公里，也就是说如果嘉兴有人想乘坐磁悬浮到上海或者杭州，需要先解决从城市到车站的10公里距离。”朱其杰说。但是，出行者首要考虑的交通因素就是方便，这样的设置肯定减少乘坐磁悬浮的人数，“更何况，当时上海到杭州已经拥有四条铁路线，运量预测显示，根本无须再修一条轨道交通线。”朱其杰进一步解释道，“因此，当时我们专家组自然就否定了这条线路的修建。”
几年前，北京修建的门头沟到苹果园的S1线开工前，朱其杰也曾经进行过实地考察，当时他也提出了反对意见。“我反对这条线路的建设，不是因为辐射问题，恰恰相反，我认为磁悬浮是个先进的技术，它具有噪音小、爬坡能力强等优点。但是S1线修建长度为十几公里，其间设置了八个车站，意味着平均一公里多就有一个站台。”
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