M组病毒并不像人们推测的那样特别具有传染性，相反，这类病毒的传染带有随机性。英国牛津大学科学家努诺-法瑞亚表示：“它之所以传染快，更多源自生态因素，而非进化因素。”通过收集来自中亚800名艾滋病感染者的各种病毒基因组，法瑞亚及同事制作了一个病毒的族谱图。由于基因组的新型基因突变速度相对稳定，因此通过对比两组基因组序列并寻找差异，研究人员发现这两组病毒基因起源于同一祖先。这种分析技术目前被广泛应用，例如科学家发现我们与大猩猩的共同祖先生活在至少大约700万年前。法瑞亚指出：“核糖核酸病毒，如艾滋病病毒的进化速度大约是人类基因进化速度的100万倍。这意味着，艾滋病病毒的‘分子钟’走得实在是太快。”这种病毒的分子钟走得如此之快，以至于法瑞亚及同事研究发现，所有艾滋病病毒基因组都源自同一祖先，且进化时间不到一百年。HIV-1型M组病毒大流行可能始于上世纪20年代。接着，研究小组进行了更深入的分析。基于熟知每种艾滋病病毒样本的收集地，研究人员可以准确定位出艾滋病病毒大流行的发源地：金沙萨，这个城市今为刚果民主共和国的首都。
这是一个感染艾滋病病毒的细胞。
艾滋病病毒正感染一个细胞。
之后，研究人员改变了方法，他们寻找各种历史事件记录，力图找到HIV-1型M组病毒为何于上世纪20年代在金沙萨这个非洲国家城市中最终引发艾滋病大爆发。很快，一系列可能的事件迅速浮出水面。在上世纪20年代，民主刚果原属比利时殖民地，刚刚成为都城的金沙萨当时又名利奥波德维尔。大批年轻人被金沙萨的富饶迷人吸引过来，以期在此淘得第一桶金，而性工作者又非常乐意帮助他们花天酒地寻欢作乐。结果，艾滋病病毒开始在人群中迅速感染传播，且不局囿于金沙萨这个城市。研究人员发现，都城金沙萨当时是非洲一个交通便利的城市，得益于四通八达的铁路网，艾滋病病毒随着成千上万名搭乘火车的人们，在短短20年内四散传播到1500公里远的各个城市。一旦条件成熟，艾滋病就在上世纪60年代出现了感染大爆发。1960年，刚果民主共和国独立，成为全世界包括海地在内的法语国家的一个巨大劳动力市场。当年轻的海地人几年后返回家乡，他们将一种被称为“B亚型”的HIV-1型M组病毒带入大西洋西岸地区。1970年左右，随着纽约和旧金山等国际大都市倡导性解放以及抗议同性恋歧视，艾滋病在这些大城市里传播开来，之后又趁社会政治环境之便在美国和欧洲蔓延开来。法瑞亚解释说：“如果出现类似的生态环境，我们相信其它病毒亚型也会像‘B亚型’一样迅速传播。”
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