性能和电池寿命：旗鼓相当
智能旗舰的性能自然也是大家最为关心的部分，三星S6与HTC One M9的表现可谓是旗鼓相当。三星今年没有选择高通处理器，而是在各版本S6中均搭载自家的Exynos 7420八核处理器，性能出众；HTC则采用了高通骁龙810处理器。两款处理器均为64位架构，但三星的制程更为先进，为14nm，高通则为20nm。
根据GsmArena的测试显示，两款手机在多款不同跑分软件中的测试表现是不一致的。比如注重综合运算类的安兔兔，三星S6的得分要明显高于HTC One M9，而测试图形能力的GTX得分则是M9更胜一寿。事实上，三星Exynos处理器一直拥有更高主频和更好的处理器运算能力，但图形性能上略逊色于高通同级别产品，再加上三星S6的屏幕分辨率高于HTC M9，这个结果也并不令人意外。
电池寿命方面，Recode将两款手机设置为最高亮度、连接WIFI持续播放视频，三星S6可实现9.5小时持续播放，而HTC One M9则为5小时，这个结果差异较大，令人不解。GsmArena的综合续航测试结果则相差不大，三星S6最长可实现64小时续航时间，而HTC One M9则为62小时。但显然，两家媒体的测试结论是一致的。
软件及特色功能：不同风格
三星S6和HTC One M9都运行Android 5.0.2系统，也都采用了各自的自定义界面，风格上显然是不同的。三星S6的变化是大幅削减了Touch Wiz的内置软件，并内置微软应用，不过还是能找到一些三星定制化Android的逻辑感；HTC One M9则突出主题定制，用户可以定制不同的壁纸、图标、铃声和特定主题，实现个性化界面风格。
特色功能方面，三星S6支持触摸式指纹识别，同时也将利用该功能和NFC、传统磁条技术来实现新服务Samsung Pay移动支付，另外还集成了前作的心率、紫外线传感器等。HTC One M9的特色似乎仍是前置立体声扬声器，并未集成新型的服务和体验形式。不过，HTC在国外市场推出了一项M9一年免费更换服务，如果手机意外摔碎、进水均可免费更换，但是否会在中国市场推出暂时不得而知。
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