用户只需要在“显示与亮度设置”中进行设置，就可以开启Night Shift功能。用户可以根据自身需要设置激活Night Shift的时间，比如不开启此项设置，系统则会根据你地理位置的日落时间，自动开始调整屏幕色温，并在第二天自动恢复为正常显示模式，十分人性化。值得一提的是，Night Shift还提供了色温调节，用户可以根据自己的喜好对屏幕色温进行调节，这可以看做是冷屏手机用户的福音了。
开启护眼模式前
开启护眼模式后
除护眼模式外，此次iPhone SE中搭载的iOS 9.3系统同时对备忘录的功能进行了加强，加入了单条加锁和笔记导入功能，iPhone用户终于可以对备忘录进行加锁处理了。
美中不足的是，删除加密的备忘录并不需要二次密码认证，系统会将删除的备忘录转移到“最近删除”中，30天后自动清除，如果删除也需要通过密码，无疑会更加实用。值得一提的是，本次苹果将备忘录加密设置的有些深，用户需要在设置中的备忘录中开启密码认证，而关于单条加密，用户则需要点击分享按钮后才能够看到。
本次，iOS 9.3还优化了健康应用，加入了数据展示更加丰富的健康应用，数据详情页中加入了相关运动/健康应用推荐的功能，方便用户下载自己需要的应用，并支持将这些运动/健康类app的数据导入健康应用，还增强了与Apple Watch的数据交换。
最后要说的就是Siri了，iPhone SE继承了此前6s专享的“Hey Siri”实时语音唤醒功能，无论在何种环境下，用户只要对手机说声“Hey Siri”即可唤醒Siri语音助手，这项功能也可以说是iPhone SE同iPhone 5s最大的区别，并不完全是软件层面赋予的，主要还是得益于其内置的M9协处理器，不管怎么说，能够在不碰触手机的情况下唤醒Siri，无疑是非常实用的。
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