《口袋怪兽绿宝石》是由网友制作的一款口袋妖怪同人改版游戏，在游戏中，玩家操作一位神奇宝贝训练家游历丰缘地方、战胜八位道馆训练家并挑战四天王及冠军。主角借助神奇宝贝球收服神奇宝贝，并用收服的神奇宝贝与他人对战。

《口袋妖怪 绿宝石》的故事设定在与前作的关都地方和城都地方有一定距离的丰缘地方。丰缘地方的设计基于日本的九州岛和九州地方；然而丰缘相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。像九州一样，丰缘地方拥有许多小岛，地区的一部分被海路充斥，玩家在其中的一部分海路中可以潜水。増田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地方是个有“丰富缘分”的场所，表示人与神奇宝贝关系的主题。

1、祐树（ユウキ）和小遥（ハルカ）

主角搬家来到丰缘地方的未白镇，被小田卷博士赠予神奇宝贝图鉴，踏上了冒险之旅。

2、火岩队（マグマ団）和水舰队（アクア団）

在红蓝宝石版中火岩队和水舰队会根据玩家选择的版本出现一个。在绿宝石版中，火岩队和水舰队将会同时登场。主角将要阻止他们的阴谋。

3、亚希达（エニシダ）

脖子上悬挂着神奇宝贝领航员，戴着墨镜的神秘男人。在绿宝石版中首次登场的他名为“金雀儿”。冒险中，主角在各种各样的地方同他邂逅。是对战开拓区的老板，只允许自己认可的训练家进入设施。

游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。

在旅途中他们遭遇了火岩队和水舰队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代神奇宝贝后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的神奇宝贝烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地方四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问大挑战地区。