《泡泡龙DS》的游戏模式包含 NDS 和 CLASSICS 两类，各自收录了3种游戏模式。其中的单人游戏模式有以不同的关数划分而成的PUZZLEMODE模式；以计算机角色为对手进行对战的VSCPUMODE模式；不会完结的游戏模式，PUZZLE会不断出现的ENDLESSMODE模式。本作新增了名为 DSSTYLE 的系统，在这系统下，玩家可以储起在游戏中所得到的各种不同功能的道具，并可以自由选择在甚么时候使用那些道具。此外，游戏还设有编辑模式，玩者可以自行设置自己的版图。
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