CT3，顾名思义，是CT特种部队三部曲的最后一部。 一个在基因研究领域的科学家团队失踪了， 被某个组织绑架了抓去做研究，CT特种部队队员收到命令要去救回科学家，捣毁那个组织！ 整个游戏大部分时间是你操纵一特工拿着有限的武器和武装到牙齿的敌人进行周旋。 每关都会有不同的主线任务，例如摧毁一定目标，排除炸弹， 偶尔会有一些附加任务——完成的话可以获得特殊的奖励。 关卡中的敌人并不一定要全都杀死（老大或者任务规定者除外）， 所以有些不容易打死的敌人不必刻意地追杀。 游戏里有不少不同的场景，每个场景有自己特殊的敌人和要素， 每小关开始的时候你的武器和残弹都会初始化，所以不要过于节约弹药， 该用的时候就用，特别是每个场景里面特有的S级武器，这一关用不完可就浪费了。
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