涿鹿之战，黄帝大胜蚩尤，七大先锋兽族功不可没，黄帝遂封七大兽族各持有一块七曜（日、月、金、木、水、火、土）晶玉，每个晶玉皆蕴含著一种不可思议的力量。这场灾厄不仅毁了许多无辜人民的家园，也使得五原山石崩塌、汉运火德泄出，少年夏皓因缘际会之下结识了张角之女张婕，并与太平道教主张角、以星象神算著名的玄机宫宫主—计采遥一同发现了封印魔界之门的上古机关“七曜星轮”之封印有松动迹象，如不加以阻止，则猛兽妖怪将四处萌生，神州将陷入浩劫。而唯有找齐七曜晶玉，方能再度启动封印，恢复人界秩序。
《幻想三国志3》剧情发生于公元183年末，《幻想三国志2》剧情之前，是系列作时间轴中最早的一部。时值东汉光和年间，长虹贯穿紫微星的那夜，中土发生了一场大地震。兽族间本就存在著的冲突，在黄帝殁后越演越烈，终于燃起烽烟；大战之后，原本就居于弱势的兽族从此灭亡，而七曜晶玉也因此分散至神州各地。除了置身于事外的金翅族外，仅存的血狐族与赤虎族两大族，从此过著互相牵制却也互相觊觎彼此力量的日子。
战争系统
在这代里，变化最大的是战争系统。游戏的大地图不再以地区划分，而是出现了城市的概念，46座城市之外还有22处关卡，有水上的，也有陆上的，要想进攻对方的城市，得先进攻城前的关卡，敌人也会在关卡设防，而一旦我方占据了关卡，或进或退，都可使己方得利，这个富有特色的设定一直到9代都在沿用。关卡的战斗，游戏采用的是野战的模式，敌我双方利用地势之险出谋划策，一旦关卡的敌方被消灭，关卡即告占领，这样下一回合进攻方就可为攻城战作充分准备;当然守方也可放弃野战，只在城外和对方一决高下，一切全凭玩家个人喜好。攻城战的场景采用45度设计，颇具立体感，城外部队的视线有白天黑夜之分，晚上视线不明，就极易受到偷袭，而且按照设定，外城破了之后还可以进入里城再打，一场战争本月无法结束，第二个月还可再打，直到城破或己方退兵为止，这些因素，使得战争更加紧张激烈了。本作的单挑系统较《三国志2》更为完善，武将可以随时提出单挑，画面也更精美，可以看到敌方武将被我方大将斩于马下的真实场景，而不是像前代那样只用数字表示，3代的这种“一骑讨”的模式为后面的几代起到了一个模范的作用。另外，武将均有隐藏属性的设定，例如勇猛，冷静，义理等等，勇猛值高的武将单挑胜率大，这些隐藏属性成为了《三国志3》高手们研究的话题，彼此间交流对此津津乐道。本作的计谋系统也达到了一个前所未有的高度，武将可以充分利用各类计谋打击敌军，比如潜伏、放火等，但是成功率并不高。3代的兵种较之前也有了质的变化，可以有步兵、骑兵、弩兵同时作战。
谍报系统
本作的另一个特色就是复杂的碟报系统和计谋、外交指令。敌方城池的资料我方是不可见的，因此可以派人去做间谍，但时间较久，有时长达半年，这样的设定加大了难度，也使得那些无事可做的将领分派到了差事。谋略方面，游戏提供了多种计谋，比如“二虎竞食”、“驱虎吞狼”等等，使得游戏的乐趣又更上了一层楼。此外，游戏的外交系统继承了前作“外交使节”的模型，但可供君主选用的外交策略更多，并且还有军师从旁协助。
然而即使是《三国志3》这样近乎完美的游戏，也存在着一些垢病。比如在挖敌方武将时，只要你的军师智力为100，对方忠诚不满100，便总会劝降成功，这样连关羽、张飞那样的铁杆刘派，哪天说不定也会成为别派。而且挖来的武将还带着本部人马一起来投，这样就形成了一套“挖人长兵法”，即挖到敌方忠低的武将，剥掉兵马后放回去，等到他在电脑那边分配到了人马，再挖回来，如此循环，不假多时，便可成为泱泱大国了。但这些BUG同样是瑕不掩瑜，并不能对它的经典产生多大影响。
总的说来《三国志3》是整个系列里体系最完备，可玩度最高的作品。这绝对是光荣的一款革新之作，比之前两代，真是有天壤之别。由3代开始，光荣的三国志系列渐渐走向了成熟。
内政系统
内政方面，由于城市较多，内政指令也复杂了许多，开发、治水、商业、耕作构成了“内政四要素”，每个月都可以派一名武将担任工作，游戏以“命令书”的方式分派任务，下一个月即可知道工作进度。但是很多工作有快有慢，快的一个月，慢的(如生产武器)则要数月，因此出现一个武将几个月做一件事的尴尬情况。但冗长的内政系统并不影响《三国志3》成为经典之作。
